Në shkurt-mars të vitit 1897 u krijua Besëlidhja shqiptare me qendër në Gjakovë, por Porta e Lartë mori masa për shpërndarjen e saj. Para se Besëlidhja shqiptare të shtrihej në të gjitha vilajetet.
Më 23 deri më 28 janar të vitit 1899, u mbajt në Pejë një kuvend tjetër ku morën pjesë rreth 500 veta, kryesisht nga Vilajeti i Kosovës dhe disa të tjerë nga Vilajeti i Manastirit dhe i Janinës.
Kryetar i saj u zgjodh Haxhi Zeka.
Kuvendi i Pejës detyrë parësore shtroi luftën kundër copëtimit të tokave shqiptare nga shtetet armike. Haxhi Zeka dhe kuvendi nuk i shtruan hapur që në fillim kërkesat për autonomi sepse mendonte se Porta e Lartë do të dërgonte forcat e saj për ta shuar atë kuvend.
Lidhja e Pejës pati jehonë pozitive te shqiptarët brenda dhe jashtë atdheut.
Me përpjekjet e patriotëve shqiptarë Lidhja e Pejës u përhap edhe në Shqipërinë Jugore.
U bënë gjithashtu edhe përpjekje për të organizuar një kuvend në Prizren, ku do të plotësohej më tej programi i Lidhjes.
Patriotët e diasporës shqiptare u bënin thirrje bashkëatdhetarëve që të bashkoheshin rreth Lidhjes së Pejës dhe programit për autonomi.
Mbështetje të rëndësishme gjithashtu i dhanë edhe shtypi shqiptarë, përkatësisht shkrimet e rilindasve shqiptarë. Pak kohë pas formimit të Lidhjes së Pejës, Sami Frashëri më 1899 botoi veprën “Shqipëria ç’ka qenë, ç’është e ç’do të bëhet”.
Ky libër pasqyroi gjendjen e vështirë të Shqipërisë, rreziqet që i kanoseshin dhe rrugën që duhet të ndiqte populli shqiptarë.
Qeveria Osmane dërgoi forca për ta shtypur Lidhjen. Pasi shtypën Lidhjen ata arrestuan intelektualë e patriotë dhe thelluan më shumë mohimin e të drejtave shqiptare.